O terceiro jogo da série, Call of Pripyat acontece logo após os eventos de Shadow of Chernobyl. Tendo descoberto o caminho aberto para o centro da Zona, o governo decide controlá-lo através da "Operação Fairway"

O jogador assume o papel de Scar, um mercenário veterano. O único sobrevivente após uma enorme emissão de energia em que foi pego enquanto guiava um grupo de cientistas pela Zona,

No primeiro jogo da série, o jogador assume o papel de um stalker amnésico conhecido como "O Marcado", que tem a tarefa de matar outro stalker chamado Strelok. No decorrer do jogo, o protagonista descobre pistas sobre seu passado e sua verdadeira identidade, e nquanto ajuda outros perseguidores e luta contra as criaturas mutantes que habitam a Zona.